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Trois mois ont passé depuis que Sisko et les officiers de Deep Space Nine ont abandonné la station, laissant derrière eux Kira, Odo et Jake (comme reporter). La situation pour la Fédération semble désespérée: lors de la première attaque, 112 vaisseaux partirent pour affronter les Jem'Hadar, 14 revinrent. La Fédération est en train de perdre la guerre contre le Dominion. Après plusieurs mois de combat à bord du Defiant, le capitaine Sisko reçoit un ordre de l'amiral Ross lui demandant de se rendre sur une base de la Fédération pour recevoir une nouvelle affectation. Sisko se voit temporairement retirer le commandement du Defiant. Le capitaine est chargé d'une mission secrète qui pourrait mettre un frein aux victoires du Dominion............
